此前已有许多省份和高校明确，严肃处理问题学位论文。而作为培养硕博学生的第一责任人，许多文件也对导师承担的责任进行了规定。其中，已有多个省教育厅和高校明确提出，对出现问题学位论文的导师，约谈、停招、不得评优；对相关学校领导班子进行相应的考核；对相关单位通报批评，并会影响相关学位点评估。
例如，陕西省在今年实施了新版《陕西省硕士学位论文抽检实施办法》（以下简称《办法》）。新版《办法》明确，对于出现“存在问题学位论文”的学位授予单位，省教育厅将给予相应的预警，并将重点抽检其指导教师所指导的学位论文，提高所在学位授权点论文的抽检比例；对于连续出现“存在问题学位论文”，或同一年度比例较高或篇数较多的学位授予单位，省教育厅将采取质量约谈、调减招生指标等办法处理，同时将抽检结果与学位授予单位的项目立项、资金分配和评奖评优等工作挂钩，并纳入学位授予单位领导班子年度考核。省教育厅还将抽检结果纳入硕士学位授权点合格评估，作为学位授权点合格认定的重要参考。
新版《办法》还要求，对出现“存在问题学位论文”，学位授予单位应采取约谈导师、暂停导师招生资格、调减相应学位点招生指标等办法处理，还应将抽检结果作为导师职称晋升、导师招生资格确定、院系教育资源配置的重要依据。对由于学术不端行为而形成的“存在问题学位论文”，要依法撤销该论文作者所获得的硕士学位、注销学位证书，追究导师等相关责任人的立德树人责任。对于不予配合造成抽检工作无法进行的学位授予单位，予以通报批评。
中国美术学院关于论文抽检中“存在问题学位论文”的处理办法中规定：
首次出现“存在问题学位论文”的导师，暂停研究生招生一年，且两年内不受理其参加高一级导师资格遴选；第二次出现“存在问题学位论文”，暂停招生两年。同一导师累计有3篇及以上“存在问题学位论文”，取消其研究生导师资格。自第三次后五年内，不再接受其导师资格申请。存在学术不端情形的学位论文，其导师从下一学年开始暂停招生三年。
出现“存在问题学位论文”的主导师，当年度考核不得被评为“优秀”等次，且自次年起连续3年不得被评为优秀研究生导师。
延安大学关于对“存在问题”硕士学位论文的处理办法中也规定：
对于“存在问题学位论文”指导教师，取消该导师当年度参加各种评优的资格。
研究生培养单位出现“存在问题学位论文”的，由主管校长对培养单位相关负责人进行质量约谈，限期整改。若经整改后仍出现，学校将该单位学位授权点列为动态调整对象。
